金砖创新基地采取理事会、战略咨询委员会、实体机构三级架构运行机制。金砖国家新工业革命伙伴关系创新中心（下称“金砖创新中心”）作为金砖创新基地管理运营团队，负责落实理事会各项决策部署。


金砖创新中心于2021年9月7日正式揭牌，为省政府直属事业单位，委托厦门市管理。


主要职责：承担金砖国家新工业革命伙伴关系创新基地政策协调、人才培养、项目开发等事务性、辅助性工作；设置5个内设机构（综合保障部、政策协调部、人才培养部、项目开发部、国际合作部）